「タグ」は、フラグ管理(on/off)であるのに対して、「医療機関ラベル」は、数値を細かく持ったり、値を選択肢としてもったり、文字列を持ったりできます。
同じように絞り込みの検索で使えたとしてもたとえば、タグだと「OB医師3人以上」というタグを設定して、on/offで判別する必要があるのに対して、医療機関ラベルでは、「OB医師数」として数値を持つようにして、検索の際に3人以上で検索をかけられるので、持たせられる値の柔軟性やそれに伴う検索の柔軟性が異なります。
今後、機能アップデートで解消させていただく予定ですが、現状、下記２点がラベルでタグの機能が使えないものですので、下記の仕様用途で使い以外では、「医療機関ラベル」をおすすめします。
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メールのリストとしてデータを引っ張ってくることができない
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医療機関検索画面や個別医療機関の上部に表記ができない。